Wer den Ortsnamen Heidenheim liest und an das 752 gegründet Kloster denkt, der könnte geneigt sein, den Namen mit den Heiden in Verbindung zu bringen, die Wunibald getauft und bekehrt habe. Heidenheim sei nach dieser Vorstellung ein Heim eines der Heiden. Doch dagegen erheben sich starke Bedenken.
Der Hahnenkamm und sein Umland verharrte zur Zeit der Ankunft des heiligen Wunibald nicht mehr im dunkelsten Heidentum. Das frühe Christentum, dessen archäologische Spuren sich in der nahen fränkischen Königsmark Westheim-Ostheim schon um 600 nachweisen lassen, war allerdings noch sehr stark von heidnischen Vorstellungen durchwoben.
Wunibald hatte sich hier mit so genannten christlichen Priestern, die schon die Weihe empfangen hatten, genau so auseinanderzusetzen wie sein Blutsverwandter, der heilige Bonifatius, in Hessen und Thüringen. Der Ortsname Heidenheim darf auch mit den Heiden im Sinne von Nichtchristen nicht in Verbindung gebracht werden. Er geht vielmehr auf einen fränkischen Ortsgründer namens Heido zurück.
Das o am Namensende findet sich auch in den benachbarten Ortsnamen Sammenheim (Heim eines Sambo), in Meinheim (Heim eines Mago oder Megino), in Altheim (heim eines Alto?), in Dittenheim (Heim eines Dito). Infolge der o-Endung könnte an einen Sippenzusammenhang der Ortsgründer gedacht werden, die hier zur fränkischen Sicherung des Landes um die Gelbe Bürg angesiedelt wurden.
Beim Grundwort -heim darf man nicht an ein modernes Heim im Sinne einer behaglich eingerichteten Wohnung denken. Die Grundbedeutung von -heim ist "Einzelhof, Wohnsitz". Der Name Heidenheim wäre demnach zu erklären: "Einzelhof, Wohnsitz, Heimat eines Heido". So wird auch der Ortsname von Heidenheim an der Brenz in Baden-Württemberg erklärt (Siehe Lutz Reichardt, Ortsnamenbuch des Kreises Heidenheim, Stuttgart 1937 und Dr. Robert Schuh, Ortsnamenbuch des Altlandkreises Gunzenhausen, Nr. 119).
Es ist nicht auszuschließen, dass in Heidenheim am Hahnenkamm und Heidenheim an der Brenz ein und derselbe Grundherr und Ortsgründer Heido am Werke war. Ein bedeutender Träger dieses Namens war auch der Abt Heido im Kloster Reichenau.